金刚狼被带到贼窝，在场的有真理子，银武士，毒蛇，还有一个巨大的银色武士机器人。金刚狼两只手被困住，毒蛇用诡计使金刚狼伸出爪子并将其固定。
机器武士站了起来正准备用武士刀热切掉爪子，这时真理子将固定装置破坏。金刚狼开始反击战斗，这时候雪绪赶到，与毒蛇搏斗并将其重创。
金刚狼继续与机器武士搏斗，武士将金刚狼一只手上的狼爪切了下来。金刚狼处于劣势，这时银武士良心发现，在背后偷袭了机器武士，但同时也被机器武士掐死。
金刚狼砍下了机器武士的头，并将其踹到了楼下，同时雪绪也打死了毒蛇。机器武士活了过来，一下子砍掉了金刚狼的另外三根爪。
危急关头，真理子用砍掉的爪子刺进了机器武士的身体。盔甲打开，里面的人原来是几天前就去世的矢志田，原来他想夺取金刚狼的永生能力。
矢志田没有罢休，用某种仪器吸走了艾德曼金属。而矢志田也变得年轻了。金刚狼怒了，而这时骨爪也长了出来，金刚狼刺死了矢志田，并将其推进海里。
一切结束了之后，在机场，金刚狼和真理子道别，此时真理子已经接手矢志田公司，金刚狼和雪绪上了飞机两人坐着飞机回到了美国。
金刚狼下了飞机，走到安检口时旁边塑料筐里的金属物突然动了起来，这时，一个熟悉的声音出现。是万磁王！
接着周围的一切静止，已经死去的查尔斯教授竟然坐着轮椅出现了。
原来这个时候玻利瓦尔·特拉斯克所制造并指挥的新型特种战斗机器人“哨兵”开始了对变种人的猎杀。
哨兵机器人可以检测出任何形式的变种类型，而他们的基因则能够让他们瞬间变换和改造自身，从而击败变种人。
变种人彻底陷入了劣势，经过十年的艰难抵抗。变种人最终还是失败了。
这使得变种人的唯一希望，便是回到过去，在特拉斯克的研究最终导致他们的灭绝之前，改变历史。
利用幻影猫凯蒂的能力，金刚狼罗根穿越时空开始了这个艰辛的旅程。他必须联合年轻的变种人领袖X教授，以及他一生的对手万磁王，去找到魔形女，并阻止她刺杀特拉斯克。
金刚狼穿越时空修改历史，哨兵计划取消。从这之后就形成了新的时间线。
天启出生于埃及第一王朝，是地球上最古老、最强大的变种人沙巴泊，曾拥有无数信众，但后来遭人背叛，被人活埋。
几千年后，强大无匹而且永生不朽的天启从数千年的深埋中获释，愤怒的他发现同类不再被视为神祇，他对人类世界充满厌恶，决定摧毁它重造一个新世界。
为了实现自己的野心，天启四处游走，开始搜集他的仆人——天启四骑士。因为天启的力量，暴风女、灵碟、天使、万磁王的超能力得到巨幅提升，同时他也计划将他的意识移入X教授体内，从而组建一支变种人的军队。
天启的阴谋遭到正义的X战警们的顽强抵抗，X教授、魔形女、琴·格雷、镭射眼、夜行者、野兽、快银等变种人联起手来，与这个看似无法阻挡的敌人进行一场史诗对决。
最终天启被杀，世界被拯救。不过琴·格雷因为使用了凤凰之力，导致了黑凤凰的觉醒。
1995年美国的航天发射场，奋进号航天飞机刚刚升空，地面的控制人员在高空检测到一个类似太阳耀斑的巨大能量，随即飞船失联。
美国总统秘密给查尔斯教授打电话，要求出动X战警前去营救下落不明的宇航员。
查尔斯教授随即派魔形女担任队长，带着琴·格雷、镭射眼、蓝恶魔、风暴女、快银、野兽几人驾驶X战警的飞船飞入太空执行营救任务。
众人到了太空看到一大团暗红色的能量团在大肆涌动，而航天飞机就在能量团的边缘摇摇欲毁。
蓝恶魔带着快银传送到飞机，将座舱内的6名宇航员系悉数救出。但被救出的宇航员说还有一个机长没被救出。
当时航天飞机几乎已经被能量吞噬，魔形女因为觉得太过危险不想救剩下的那名机长。
但查尔斯教授坚持要将所有人救出。不得已，魔形女派琴·格雷与蓝恶魔再次飞入航天飞机搜救机长。
琴在飞机内用自己的意念力抵抗那股能量维持住飞机的形体，同时蓝恶魔去救人。但在蓝恶魔将人救出后，那股能量瞬间爆发直接冲向琴，琴瞬间化成一片火海。
为了不让扩散的爆炸能量伤到X战警的飞船，琴用仅存的意识将全部的能量导向了自己，瞬间发生了大爆炸。爆炸过后，蓝恶魔将琴的“尸体”带回了飞船。但琴不久后竟然自己苏醒了过来。众人虚惊一场。
回到地球，X战警因为营救了宇航员而受到英雄一般的礼遇。但魔形女与X教授爆发了激烈的冲突。X教授为了让人类接纳变种人，常常让X战警委曲求全，自己陷入危险境地。
而魔形女则认为X教授应该多考虑一下变种人自己的安危。野兽汉克对琴进行了体检，发现琴的能量大幅增加了，其能量高到现有的仪器根本测不出来。
晚上，在一个湖边，三个不明物体悄然降落。一群德巴力星人从中出现，它们杀害了附近一群正在聚餐的人们，并化装成他们的模样。
X战警的营地内，众人正在举行篝火派对庆祝任务胜利。琴发现自己的各种兴趣、冲动比以前强了不少。在喝下无数杯酒后，周围嘈杂的人声让琴再次失控，她释放出巨大的冲击波，将周围的树震断，将人击飞，而琴自己也失去意识昏倒在地。
正在受邀参加国宴的X教授通过心灵感应察觉到了琴的异样于是匆忙返回。
对着昏迷不醒的琴，X教授利用意识机器进入琴的思维。他发现琴的能量太过强大，以至于他在琴的脑中植入的一个“意识防火墙”濒临崩塌。
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