整个天启5年，就在这种轰轰烈烈的大事件里结束了，天启六年，就在一场覆盖了整个北方的大雪里掀开了新的篇章。
就在大明朝廷上下吉祥喜庆的年的时候，孙承宗病倒了，他不得不请求致仕修养了。
这次可不是历史那样被阉党逼迫的请辞的，是实在身体不行了。
皇上同意了他的请求，但这个位置最终还是被东林高第占据了。
努尔哈赤乘辽东明军易帅和匆忙撤军之机，宁远形势混乱的时候，亲统金蒙八旗军约六万人（号称十三万）于明天启六年、后金天命十一年正月十四出沈阳，十七日西渡辽河，直逼宁远。此时孤城宁远守军不满两万，前有劲敌，后无援兵，形势险恶。
袁崇焕临危不惧，召集诸将议战守，决定采取坚壁清野之策，组织全城军民共同守城。他在众将士面前刺血为书，誓与宁远共存亡，兵民为之感奋。
袁崇焕旋以总兵满桂、副将左辅、参将祖大寿、副将朱梅分守城东、西、南、北四面，自与满桂提督全城。在城上配置西洋大炮十一门。东、北两面及西、南两面，分由彭簪古、罗立指挥。动员城厢商民入城，尽焚城外房舍、积刍，让后金军露处严寒野外。
袁崇焕还针对努尔哈赤善用间谍，亲督同知程维楧稽查奸细，派人巡守街巷路口，又动员街民配合士兵逐户搜捕。令通判金启倧编派民夫，供给守城将士饮食。又派官吏带领城内商民筹办物料，运矢石、火药等。军民还在城墙外侧泼水为冰，以阻后金军登城。一切守御准备于正月二十二日就绪，稳定了军心民心。
正月二十三日，后金军进抵宁远，离城五里横截山海大道，安营布阵，切断宁远与关内的联系，在城北扎设大营。努尔哈赤遣被掳汉人入城劝降，被严辞拒绝。 [9] 袁崇焕命罗立等向城北后金军大营燃放西洋大炮，后金军伤亡甚重，被迫将大营西移。[1]
正月二十四日晨，努尔哈赤发动攻城，命后金军推楯车、运钩梯，步骑蜂拥攻城西南角，万矢齐射城上，城堞箭镞如雨注，悬牌似猬刺。袁崇焕命发西洋大炮，又杀伤后金军甚众。 [1]
左辅率军民依托坚城，死战不退；祖大寿率军应援，铳炮齐发，药罐、雷石齐下，后金军死伤累累。据说，此次袁崇焕亲自发炮，击中努尔哈赤。
然而活蹦乱跳的努尔哈赤见攻宁远不下，就调转枪口，突袭觉华岛。时值隆冬，海面冰封，无险可守，明将姚抚民等率领官兵凿开一道长达15里的冰濠，正月二十六日武讷格以骑兵进攻觉华岛，明军最后全员战死，金兵焚烧城中囤积粮料。
当时守将金冠刚死，其子金士麒与亲兵800人至觉华岛迎榇，亦与后金军作战，全部被杀。岛上军民1.4万余口都被后金军杀戮。
粮草18万余石，五十万储备在这里的银子被抢掠。2000余艘战船都被焚烧，这座明朝关外的后勤基地被后金军摧毁。
此时毛文龙还是出兵袭击后金后方永宁，对建奴进行力所能及的骚扰，努尔哈赤得报，不得不停止继续对山海关对攻击，就在紧闭不出的宁远城前，带着海量的缴获，三十万俘虏的蒙汉百姓率兵回军，二月九日返回到沈阳，宁远之战结束，历史上被称为宁远大捷。
至于觉华被破，钱粮被抢，百姓被俘，不过是一个春秋笔法罢了，那都是小事。
不管怎么说，宁远之战是明金交战以来明军所获得的第一次大胜仗。它遏止了后金对关内的进攻，挫伤了他们的锐气，稳固了明朝宁锦防线。同时努尔哈赤亦因中炮负伤，不久即告身亡而使得后金国内部产生权利之争，有相当一段时间不敢南犯中原。这就是大胜。
孙承宗病退，明军宁远大捷，袁崇焕升任巡抚，现在的袁崇焕总算是得偿所愿，成为了蓟辽第二人，于是，他认为他应该是这蓟辽第一人，他膨胀了。
于是，就和总兵官满贵闹别扭，最终，向朝廷以与总兵满桂不协，请移之他镇，朝廷廷议之后，乃召满桂还。
及王之臣代高第为经略，复奏留满桂，袁崇焕又与不协。朝廷虑败事。命王之臣督关内，袁崇焕督关外，划关而守。袁崇焕虑廷臣忌己，乃上书请“惟圣明与廷臣始终之。”
朝议以袁崇焕、王之臣不相能，结果又召王之臣还，罢经略不设，以关内外尽嘱袁崇焕，与镇守中刘应坤、纪用等便宜从事。从此，袁崇焕真正成为了蓟辽第一人。
大权在握，当然要更进一步，于是，袁崇焕胁着圣眷和内阁对他的依赖，以事权统一，和毛文龙不和为由，请将毛文龙移他镇，亲自指挥东江镇。这个，皇帝和内阁研究之后认为——不行。
袁崇焕就再次上书，既然自己已经巡抚关内外，当有节制关内外一切军事民事之权，，若事权不能统一，南北不能统一调度，不能如臂使指，建奴难灭。再请节制毛文龙。皇上和内阁陷入两难抉择。
对于袁崇焕想要染指东江镇的做法，毛文龙并没有像往常一样，谁伸手东江镇就剁谁的手，而是不温不火的给了袁崇焕一闷棍。直接发公文给袁崇焕：“东江镇一直归蓟辽督师衙门管，这是自己的组织，这一点自己从来没有否定，既然我是你的一部分，在朝鲜战争覆灭日本战争，和历次对建奴的战争中，我一共损失了20万将士，抚恤合计600万银元。从开镇以来，这些年军费拖欠合计一千万银元，历次战争所消费物资，五千一百万两，政府开支，难民安置，收买建奴人头，林林总总，合计8000万银元，看着你我同为大明效力的份上，利息就免了，合计一万万六千万，咱们打个折，一万万五千万，请巡抚大人拨付，十万火急。”
袁崇焕断然拒绝。然后毛文龙立刻将吕一学带着一群能说会道的人，直接去了宁远讨债。
吕一学是秉承了毛文龙的意见，进行的软磨硬泡，拦路堵截，半夜院外呼喊，大墙泼漆写字，手段无不用其极。而且冠冕堂皇，既然你是我的上司，你就必须给我这些钱，不然我这二三百号就死在你面前。用尽了毛文龙教导的暴力讨债的手段，简直让人烦不胜烦，躲无可躲。
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