登州的局势迅速安定下来。四卫兵变本就是冒险之举，各卫的军户士卒原本就没有什么主见，主要是朝廷拖欠粮饷多时，军心本就涣散，被四卫军官一鼓动，这才准备铤而走险。
但还未来得及发动，四卫军官已然是被杀了大半，指挥使、指挥同知、指挥佥事更是一个也没活下来，踌躇之间，登州都司的兵马已经兵临城下，虽然人数不多，但盔甲兵仗却是谁也没有见过的精良，更是运来大批的粮草军饷，听其将领言道，新到任的副总兵大人就要整顿军务，分发土地给一众军户，士卒们本就是为了一口饱饭，一笔饷银养家糊口的，此时自然是万分愿意。
登州四卫，原本应有兵马两万余人，但上报都司衙门和兵部的军册早已是和实际人数相差的太远。经过了数天的清点，四卫的实际兵力加起来还不到九千人，刨去老弱病残，只剩下五千人。但其背后的家眷却达万人，情势不容乐观。
从中都带来的资财，朱平安已经拿出一部分作为安抚登州兵马之用，接下来，便要将原本被一众军官侵占的大量土地发还给军户，山东这两年也是接连大旱，今夏更是滴雨未下，眼见着收成还是无法保证，少不得又要朱平安花费银子购买粮食以敷使用。但这样的确不是长久之计，便是有座金山也迟早会被掏空的。
湖广的战事依旧不温不火，张献忠利用地利与官军周旋，杨嗣昌统领十万大军四面围堵，虽然打赢了几次打仗，却是始终未能伤及张献忠、罗汝才的主力分毫。
北直隶、河南、山陕也是大旱，杨嗣昌十万官军的人吃马喂主要依靠漕粮和这些地域的供给，但物资运输却是越发的艰难。情急之下，杨嗣昌做出了一记昏招，上疏朝廷，要求再次增加加捐助饷。奏章传到内阁，周延儒不动声色的将皮球踢给了崇祯皇帝和司礼监。眼看着满清又在关外蠢蠢欲动，意图攻击宁远、锦州一线。崇祯皇帝只好咬着牙答应了杨嗣昌的请求，一时间，民怨沸腾，京畿、河南、山陕一片动荡。
孙传庭倒是接纳了朱平安的意见，没有再坚持入京面圣，而是将家眷一股脑的送进了京城，自己则带着百余名亲随到了陕西，积极联络当地豪强，开始编连民军团练，声势不大，却做得有声有色，凭着朝廷勉强挤出来的二十万两银子，愣是组建了一支万人的兵马，以战代练，开始四处征剿小股的流寇。听朱平安的建议，李自成有很大可能已经秘密潜回山陕，孙传庭也开始派兵私下寻找，但因为兵力太少，因此一时还没有得到什么有价值的消息。
相比之下，山东的局面还算稳定。为将士请功的奏折以及弹劾登州四卫一众军官贪赃枉法、掀起士卒哗变的表章，特跟随着锦衣卫押解林德远的人马送入了京师。但朱平安不会等待京师的消息，直接便命令岳锦峰、仇泽、李定国带领精心挑选的一干手下前去上任，趁热打铁，将四卫的局势稳定下来。接下来便是编连士卒、重组新军，老弱病残一律纳入辅兵行列。
包括都司衙门也开始大刀阔斧的整饬，蓬莱城防需要加固，尤其是添置火炮，打造火铳，更是要提到议事日程上来。其二便是三个新部门的设立。如今大明朝廷还是天下的正统，朱平安也没有傻到要改变军制、衙门内部的结构的地步，那样纯粹是再找麻烦，等于是将口实送到了御史言官的手中。新增设的三个机构只能是先作为临时部门来设立，但其权限，不可谓不大。
第一便是督查室。朱平安考虑的很周全，现在还是大明，还用后世的那一套来实现对整个衙门的监督绝对是不适合的。所以，也只能以后世的经验来逐步适应大明的国情，一步一步来摸索着前进。督查室便是其中最重要的一个部门。
朱平安的手下，虽然目前来说还处于一种相对清廉、纯洁的状态，但毕竟处于整个大明社会中，难保不会受到什么不良习气的沾染，这便需要有一个机构来对其进行监督控制，于是督查室应运而生。
督查室不隶属于任何部门，也只对朱平安一人负责。人员有督查室主任挑选，然后报朱平安批准，然后才可招募进入该部门。朱平安的设想是，未来督查室将作为一个对内的情报部门存在，而监督检查的职责将交转移给真正的纪律监察部门，实现权力的相互制衡。但现在还不到时机，只能作为一个雏形来逐步发展。
督查室的第一任主官，朱平安任命了郭追来担任。从严格意义上来说，郭追不属于朱平安麾下的中都系统人马，倒是和李定国一样都属于新加入的派系，虽然和王承恩有着紧密的联系，但事实已经表明，王承恩和朱平安本身也是一而二、二而一的关系，所以，作为一个刚刚加入的外来者，郭追倒是很适合做这项工作。
第二个部门便是研究所。主官是孙和鼎。何长水、以及王承恩特意找来的几名曾跟随毕懋康研究燧发枪的工匠，以及中都时便跟随主朱平安的匠户将成为这个部门的核心成员。等到研究所不如正轨之后，朱平安还打算将何长水从研究所中抽调出来，成立军械制作局，将科研和制造分为两个独立的部门。而马夫王之所以没有进入研究所，则是因为朱平安认为，他医学上的造诣远远高于他在研究某些歪门邪道方面的水平。朱平安打算在实际合适的时候，成立军队的战地医疗部门，马夫王将是最合适的人选。
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