在此期间，针对微光所覆盖的区域被封锁，政府不断从陆路、水路，采用发射无人机，投放动物，以及人员小队进入其中，试图探寻微光的秘密，然而所有的一切都有去无回。
微光依旧在缓慢而又持续地向外扩张，丝毫没有停止的意思，似乎，只有整的地球全部被微观所覆盖后，这个过程才会停止。但是这个结果对于人类而言，是一场无法承受的灾难。
直到，在故事正式开始的时候，女主角莉娜的丈夫凯恩突然回到家中。
一年前，凯恩加入一直探索队伍进入微光所在区域，之后所有的人都失去了音讯，没有任何人知道那里面发生了什么。
只是突然回到家中的凯恩表现却很奇怪，他似乎忘记了很多事情，不知道自己这一年来做了什么，不知道自己去了哪里，甚至不知道自己怎么回到了家中。
回到家中不久，凯恩忽然开始吐血，救护车把凯恩送去医院的途中，一队训练有素的武装人员明目张胆地拦截救护车把凯恩带走，就连莉娜也被注射镇定剂后带走。
再次醒来的时候，莉娜已经出现在了一座基地之中，凯恩同样在这里接受治疗，而且被检查出多个器官衰竭，体内大出血，濒临死亡。
在这里，莉娜通过那里的负责人文崔斯得知了闪光的事情，还有自己丈夫的任务，而这座基地，就位于微光的边缘。
莉娜被文崔斯说服，加入了一个完全由女性组成的探索队伍，随后这支队伍进入微光区域。
直到进入这里之后，这些人才明白了微光真正的可怕之处。
电子仪器在这里依然可以使用，发射的信号却无法离开微光区域，因为它们全部都被折射了。
微光所覆盖的区域，就像是拥有着一个个特殊的棱镜。不同的是，这种棱镜似乎所有的东西都可以进行折射。不止是光和电子信号，所有动植物的DNA也被折射到其它生物的身体之中。
所以，她们在那里见到了很多特别的生物。
长着鲨鱼牙齿的鳄鱼、开着不同花朵的藤蔓、能发出人类求救声的熊、鹿角上盛开着梅花的鹿、形态如同人类的植物。
这种折射同样也影响着进入微光区域的人类，比如，在前一个探索队中，有一个人体内的肠子变得如同蛇一般在不停蠕动，有的人时候变得如同某种霉菌。女主角所在的队伍同样无法幸免，进入微光区域后她们对时间的概念开始混乱，女主角莉娜在自己的血液中检查的其他生物的DNA，物理学家乔西的手边开始生长出植物。
甚至于，微光的效果连人的思想都能够折射。
在这样的环境中，真的是可以把人逼疯的。事实也确实如此，经历了一系列的问题，一支无人队伍，最终到达灯塔的也只有莉娜和文崔斯。
在这个微光最核心的地方，莉娜再一次发现丈夫凯恩留下的录像。
在录像中，凯恩开启一枚磷弹自杀，并且在自杀前，对一个和自己一模一样的人说，让他去找莉娜，如果那真的是人的话。
凯恩早已经死去，莉娜所见到的那个，可以说，不过是一个看起来像是她丈夫的生物罢了。
当莉娜在灯塔内部照到先一步进入这里的文崔斯的时候，制造了微光的存在已经进入了文崔斯的身体，当那个存在从文崔斯身体离开时，文崔斯彻底消失不见，没有留下任何痕迹。
展现在莉娜面前的，是一个诡异的能量团，如同有着上帝的指纹之称的“曼德勃罗集合”。
这个能量团融合了莉娜的一滴血液之后，很快演化出一个体型如同莉娜的人形生物，这个特殊的生命模仿着莉娜的动作，并在很快之后变成外形没有任何差别的第二个莉娜！
最终这个和莉娜一模一样的生物，被莉娜使用一颗磷弹杀死，而火焰随后更是点燃了整个灯塔还有这里与微光有关的所有一切。
然后，困扰了人们三年之久的微光消失不见，莉娜回到基地，她的丈夫也在微光被毁掉的时候醒来。
似乎，所有的一切都随着一颗磷弹的点燃而回到正轨。
可惜，这表面上恢复的正常，在叶千狐看来，可能只是一种假象，在这之下所隐藏着的才是更加严重的危机。
莉娜的丈夫早已经死去，离开微光的那一个，不过是一个看起来很像的外星生物罢了。
即便它有着同样的外形，甚至是DNA和思想都是属于凯恩的，但是叶千狐依然不觉得那就是凯恩，更不会觉得它是人类。
在物理学的概念中，湮灭的意思是，物质与其对应的反物质碰撞后消失，并产生光子等能量的过程。
而《湮灭》世界的微光，对于人类而言，似乎就对应了物理学中湮灭的概念。
就像是文崔斯在能量团进入自己身体后所说的那样，“它和我们不一样，我不知道它想要什么，或者是它是不是想要，但它会生长，知道包围一切。我们的身体和思想，都被分解成最小快的部分，直到一块都不剩，湮灭。”
在电影中，叶千狐一直都对这个整个人都散发着一种阴郁气质的女人产生不了什么好感，但文崔斯在临死前的这段话，虽然并没有直白地解释出微光的真相，却也透露出很多的信息，尤其是，这个来历神秘的微光对于人类来说，显然并不是一件好事。
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