进入了失魂沙漠的中心，奎托斯遇到了前一代的统治者，泰坦王克罗诺斯。因为泰坦们在圣战里面战败了，所有的泰坦都被奥林匹斯神放逐，身为泰坦王的他也不例外，被儿子放逐到了无边无际的失魂沙漠。
失去了魂魄的他，背负着巨大的潘多拉山，行尸走肉般在失魂沙漠中落魄地爬行着。潘多拉魔盒就在山上。
奎托斯经过重重考验终于找到了潘多拉魔盒，此时的阿瑞斯也得知了这一消息，他用神力投掷出一根木桩，刺杀了奎托斯，并命令自己的秃鹫带回了魔盒。正在跌落至地狱的奎托斯遇到了自己曾经害死的船长。于是奎托斯再次牺牲了他，停止了跌落，并逐渐爬向地表。在一个掘墓老人的帮助下，他返回了雅典娜城。
他最后站在了阿瑞斯眼前，偷来了潘多拉魔盒后打开了它。神秘的力量让奎托斯变得和阿瑞斯一样巨大。
凡人和战神的战斗开始了。奎托斯凭借着出乎意料的实力，渐渐占了上风。阿瑞斯略施法术，将奎托斯吸入异空间，制造出了他妻女的幻象，同时还有成千上万个奎托斯幻象攻击着妻女幻想，想依次来刺激奎托斯痛苦的记忆而从心理上击败他。就因为自尊，奎托斯保护了自己妻女的幻想，消灭了不计其数的“自己“。没有办法的的阿瑞斯突然想到，奎托斯的武器正是自己赐予。于是阿瑞斯无耻地收回了双刃，并将它们射向妻女的幻象。再次亲眼看到悲剧的奎托斯终于失去了最后的心理防线，瘫倒在地，成为即将被阿瑞斯处决的”叛徒“。
就在阿瑞斯的利刃即将杀死奎托斯的瞬间，奎托斯再次受到了雅典娜，宙斯，波塞冬，阿佛洛狄忒等主神的祝福。
他躲避开了阿瑞斯的砍击，找到了一把长剑，再次与阿瑞斯战斗。尽管失去了威力无穷的双刃，奎托斯再次创造了奇迹，三头六臂的阿瑞斯渐渐落了下风。奎托斯用长剑刺穿了阿瑞斯，怎料到这把剑是被诸神祝福过的，它终结了凡人武器无法伤害的战神。阿瑞斯倒下了，化为烈焰产生了巨爆。奎托斯完成了不可能的任务，凡人弑神。他也为妻女报了仇。
完成了神旨的任务，奎托斯却得到了令人失望的答复。诸神可以帮助奎托斯消除罪恶感，但是奎托斯杀死妻女的事实却是不能消除的。万念俱灰的奎托斯从悬崖中跳下，企图用死亡求得解脱。就在即将落地的一刹那，雅典娜用神力将他救下。雅典娜将Blade of Chaos 中的含有的阿瑞斯意识杂质净化了，将武器变为 Blade of Athena 重新交还与奎托斯。
同时，雅典娜告诉奎托斯，奥林匹斯十二主神的位置缺一个不可，阿瑞斯死后战神的位置空了出来，奎托斯将成为新的战神。脱俗升天，也许也是一种解脱方式。
奎托斯通过许珀里翁之门来到了战神殿。在他坐上神座上的一刹那，他拥有了战神的神力；凡间所有的战争，都尽在他的监视和掌控之中。奎托斯的地位在以战争胜利为荣耀的斯巴达百姓中达到了前所未有的高度，斯巴达人将阿瑞斯神殿和神像摧毁了，为成为战神的领袖修建了新的神殿和神像。
揭示了主角奎托斯正是天神宙斯的儿子，花心的宙斯与斯巴达公主相遇后生下了奎托斯及他的弟弟。
主角奎托斯在成为新的战神之后，奥林匹斯诸神对这位原本身份是凡人的新神颇为不满，而奎托斯也显示出了对诸神的不噱。
在无视雅典娜的劝告后，奎托斯来到罗德岛帮助信仰他的斯巴达子民征伐。一只白鹰用法咒让奎托斯的身体变回凡人大小，并让罗德岛太阳神巨像起动。以为雅典娜背叛了自己的奎托斯一路杀伐来到太阳神巨像面前，父亲宙斯为帮助儿子奎托斯，将自己的奥林匹斯之剑赐予了他，并告知要战胜巨像需要把全部神力注入神剑中。
击败太阳神巨像后的奎托斯显得异常狂傲，忽视了太阳神巨像倒下时顺势压来的手掌。被压成重伤的奎托斯知道要想恢复力量必需拿回神剑，此时宙斯出现，原来他假意帮助奎托斯，其实真正目是想剥夺他的神力，宙斯毫不留情地将儿子杀死。
死后的奎托斯见到了泰坦巨人之首的盖亚，盖亚告诉了奎托斯很多关于泰坦族与奥林匹斯神族战争的起因。原来宙斯之父泰坦巨人克洛诺斯，以前帮助母亲盖亚干掉了自己的父亲“第一代神王”乌拉诺斯。
乌拉诺斯临死前，愤怒的诅咒克洛诺斯：“不久，你也将象我一样被自己的儿子推翻。”成为了第二代神王的克洛诺斯娶了自己的姐姐瑞亚，两人共生了六个子女。克洛诺斯惧怕儿子也学自己一样造反，于是将瑞亚生下的孩子一个个吞下了肚。
无法忍受这一切的瑞亚为了保护幼子宙斯，将一块石头伪装成儿子送到了克洛诺斯的嘴里。在奶奶盖亚庇护下长大的宙斯对父亲的仇恨感越来越大，并将这种仇恨化为了对整个泰坦族的仇恨。宙斯击败了自己的父亲，并从其肚子里救出了波赛冬、哈迪斯、赫拉等兄弟姐妹。
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