周士相当然不会搬绿营的军制，在琢磨后，他决定以明军的卫所军制套用到太平营身上，以此来明确太平营的等级制度，以便日后指挥通畅和赏罚、待遇、抚恤等方面的问题可以得到解决。
明军卫所的军制是小旗、总旗、百户、千户、指挥使的制度，结合太平营的现状，周士相以各伍伍长为小旗官，以各队队正为总旗官，然后结合实际指挥中出现的问题，又临时设百户一职。
这个百户并非常设，而是在战时设立，性质如同之前的前营统制官，也就是说一旦太平营与清军作战，在周士相之外就可以设一名百户统带五个总旗进行作战。百户人选并不固定，只在战前军议确定人选。
出于维持太平营军纪考虑，周士相决定设立镇抚官，这个镇抚暂时由宋襄公兼任，等到日后有了合适人选再做更改。
太平营的战兵虽然没有千人，可全营总人数却有近三千人，所以宋襄公提议周士相自任千户官，并说日后若是太平营人多了，大家的职务也同时上调，众人对此当然没有意见。
卫所制是明朝的正规军制，周士相想让自己这个千户合法就必须取得永历朝廷的认可，不然，他的做法就属于私自授官，问题是他不知道如何才能获得永历朝廷的认可。宋襄公对他说，这个问题也不难，不是已经派人往高州报捷了嘛，等高州派人来和他们提一下就是，左右罗定参将已给了太平营，难道一个参将还不能授一个千户？
周士相深以为然，小旗、总旗、百户这些说白了和后世军队中的少尉、中尉、上尉差不多，而参将、守备、都司这些才是实际职务，如同师长、旅长、团长一般。胡全已经死了，罗定参将肯定会落在自己头上，以参将之尊要永历朝廷一个实授千户应该不是问题。
周士相原本倒是想直接将师团营这种后世军队的编组体制拿来现用，可细细一想，有点不伦不类，眼下毕竟是17世纪而不是20世纪，还是符合点时代特色好，也省得他还要再一一解释什么是师长，什么是团长。
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