明朝除在藏族地区设置卫所外，还利用藏传佛教在藏族地区的深远影响，大力封授各派宗教首领和人士，推行僧纲制度，通过宗教加强明朝对广大藏区的影响。当时藏传佛教在西藏派系颇多，除控制卫藏地方政权的帕竹噶举派以外，尚有势力遍及川、康、卫藏的噶玛噶举派，以及势力仍强的萨迦派和后来居上的格鲁派等。明朝治藏政策的核心被概括为“多封众建，因俗以治”。
这种民族政策说的好听，其实核心本质就是和稀泥，利用藏区的宗教矛盾挑拨群众斗群众，反正这些汉人士大夫最擅长的就是这个。不过明朝这种政策十分成功，在明朝不在藏区派驻军队的情况下，利用这种“多封众建，因俗以治”政策维持了明朝中央政府对藏区二百多年的统治。
不过明朝对西藏的统治随着这个五世达*赖上台后就终结了，当时藏传佛教噶举派和格鲁派争权，五世达*赖阿旺罗桑嘉措和四世班禅罗桑却吉坚赞为了保护格鲁派的利益，从青海将卫拉特蒙古的和硕特部首领固始汗图鲁拜琥请来，一举消灭了噶举派，奠定了格鲁派在西藏的统治地位，这个格鲁派就是后世的黄教密宗。
固始汗是青藏高原历史的转折性超级人物，这个家伙和成吉思汗差不多，也是个雄才大略的枭雄，原本分裂的西藏在固始汗的铁蹄下，第一次成为一个统一的整体。如果不是固始汗死的太早，根本没准噶尔部什么事，因为固始汗是亲满清的。
固始汗以他的远见卓识和敏税的政治眼光看出明朝已经大势已去，于满清崇德元年果断地派遣使团，与满清政权建立联系，受到皇太极的隆重接待。
顺治二年，固始汗派出他的第六个儿子多尔济达*赖巴图尔台吉到北京，表达了和硕特蒙古对顺治帝的归顺意愿，此后，固始汗和五世达*赖几乎每年谴使北京，贡使不绝。
满清顺治小皇帝也派专使进藏，敦请五世达*赖前往北京。在固始汗的努力下，达*赖与班禅的代表赴京，受到顺治帝的格外优待。满清班府送赐金册、金印，册文、印信均用满、汉、蒙、藏四种文字写成。由此，清中央政府正式确认了达*赖喇嘛的蒙藏地区的宗教领袖地位。这是中国民族史上的重大事件，意义深远。
同时满清政府派使臣赴藏给固始汗送去金册、金印、封他为“遵行文义敏慧顾实汗”，金册、金印用汉、蒙、满三种文字写成。并由他的子孙世袭。满清政府册封固始汗，实际上是对卫拉特蒙古贵族在西藏建立政权的正式册封。从此，固始汗作为满清政府的“屏辅”统治着整个青藏高原，实现了他通好中央王朝以自重的夙愿。而满清中央政府通过固始汗间接地统治整个藏区，也顺利地实现祖国多民族大家庭的统一。从这个意义上讲，它的价值超过了金册金印的本身。
后来准噶尔部作乱，为何满清政府下大力气镇压？正是由此而来，满清认为自己册封卫拉特蒙古的盟主固始汗，那就整个卫拉特蒙古都是满清的属国，你卫拉特一部的准噶尔部不服管教，就是叛乱，自然要清剿叛乱。
而这次五世达*赖进京朝拜明朝新任皇帝，明面上是对中央王朝的臣服，其实是来求救兵的。
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