内阁改革之后，首辅虽然从法理上确立了统领内阁的地位，但内阁阁臣之间的权力和责任也有了清晰的划分。在没有皇帝的支持下，就算是首辅也不能侵犯阁臣所负责的职权，他只能就阁臣能否胜任自己的工作问题，向皇帝提出撤换阁臣的请求。
而此次内阁的成员虽只替换了两人，但却调整了内阁中最重要的三位，即首辅、分管吏部的次辅和分管户部的阁臣。钱谦益么是受到连任的限制不得不出阁，而温体仁是因为接任了钱谦益的位置而让出了自己的位置，至于郭允厚么则是年老体衰而请求退休了。
次辅的位置是因为条件交换而不得不让出，王朝聘的上位虽然有些让他惊讶，但看到了王朝聘身后的两湖学派之后，温体仁还是能够理解皇帝任命的想法的。不过接替郭允厚的居然是从地方上提拔上来的一个官员，就有些让温体仁有些困惑了，虽然这名叫方岳贡的新户部尚书，也是科学民主进步党的一员。
不过和外界沸沸扬扬的舆论不同，温体仁知道这位并不是自己推荐，用以掌控户部的党羽。他这是替皇帝背了一口黑锅啊。
不过作为前吏部尚书，他倒是很轻松的找到了这位党内后起之秀的详细资料。方岳贡，字四长，号禹修，湖广谷城人，天启二年进士。初任户部主事，“历典仓库，督水平粮储“，以廉洁和吏才而出名。
之后便出任松江知府，在地方上兴建水利和海塘而获得了皇帝的重视，由此被任命为东南地区水利及沿海石塘修建的负责人。
由于当初朝廷拨款不足，负责东南水利和石塘兴建的方岳贡，除了要监督工程进度之外，还要为这些项目筹集经费。为此方岳贡每天驾一叶小舟，在东南各县到处找人劝募，并向朝廷建议：“富户有田百亩者，一律劝输每亩银八厘，以供筑塘之用“等募款政策。
在筑塘和兴建水利的过程中，方岳贡还进行了一系列制度改革以革除弊端，不许衙门、公差直接经手项目费用，并随时访问督工人员，检查发出的银两是否全部到位，使的东南水利和海塘工程一一顺利完成。在这两、三年的大旱灾里，为东南保存了不少元气。
不过方岳贡破坏了官场的潜规则，又迫使东南士绅地主出钱兴修水利和海塘，于是在工程完工之后，便有人挟私嫌诬告方岳贡贪污工程款白银三千两，一时引起了东南百姓大规模的抗议，最终在皇帝亲自派出人员的调查下，方才证实了方岳贡的清白。
温体仁倒是没想到，对方居然就此因祸得福，反而直接被提拔到了户部尚书的位子上。而方岳贡和徐光启关系不错，也因此成为了科学民主进步党的一员。可是在党内，这位却属于徐光启嫡系这一派，和他们这些后来加入的党员关系并不密切。
因此在外人看来，方岳贡和他是一丘之貉，但温体仁心知肚明，对方根本不可能对自己言听计从。内阁的人事和财权都控制不了，他这个内阁首辅就感觉失去了一半的躯体控制。温体仁自然做梦都想把这些权力集中在自己手中，但他也知道这并不是一个一蹴而就的过程。
更何况，除了在内部要面临这些挑战之外，内阁在外同样要面临皇权和非六部衙门的权力挤压，比如民族宗教事务委员会、海关总理衙门、陆海军总参谋部等。
其中又以海关总理衙门最让温体仁感到了咄咄逼人的压力，毕竟海关总理衙门不仅拥有着独立的组织机构，还有着独立且收入不菲的海关。事实上对于海外各属国、属地来说，海关总理衙门在他们心里要比大明内阁重要的多，这就让内阁和六部官员们有些难以忍耐了。
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